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离子则为碱（布仑斯惕碱）。 当一个分子或离子释放氢离子，同时一定有另一个分子或离子接受氢离子，因此酸和硷会成对出现。酸碱质子理论可以用以下反应式说明： 酸 + 硷 ⇌ 共軛硷 + 共軛酸 酸在失去一个氢离子后，变成共軛硷；而硷得到一个氢离子。
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溶剂对离子有稳定作用： 阳离子与溶剂分子的孤对电子作用而得到稳定； 阴离子靠氢键得到稳定； 质子溶剂对SN1反应是有利的。 典型的质子溶剂包括水、甲醇、乙醇、甲酸、氟化氢和氨。 与质子溶剂相对应，非质子溶剂中也有一类对离子有稳定作用，称为非质子极性溶剂或偶极溶剂。它们不易给出质子。
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氦合氢离子，又称氦氢分子离子，化学式为HeH+，是一种带正电的离子。它首次发现于1925年，通过质子（或氢离子）和氦原子在气相中反应制得。氦合氢离子是已知最强的布朗斯特质子酸，质子亲和能为177.8 kJ/mol。有人认为，这种物质可以存在于自然星际物质中。氦合氢离子是最简单的异核离子，可以与同核的氢分子离子。
双孔结构钾离子通道族 钠离子通道族 钙离子通道族 质子通道族 电压门控质子通道 泛离子通道族：这族通道对通过的离子类型的选择性相对没有那么高，因此可以允许多种离子通过这种通道。 大部分的瞬态响应电势通道 其它的分类方式是基于一些不太常见的特征，例如多孔和瞬态电压响应。 几乎所有的离子通道都只有一个孔。但也有一些是双孔结构的：。
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质子转移反应质谱法（英语：Proton-transfer-reaction mass spectrometry，缩写：PTR-MS），是一种使用气相水合氢离子作为离子源试剂的分析化学方法。使用质子转移反应质谱法进行分析的仪器称为质子转移反应质谱仪。 1995年，因斯布鲁克大学粒子物理研究所的科学家们。
在化学中，乙鎓离子或质子化乙烷，又称乙烷正离子，是一种非常活泼的正离子，化学式为C 2H+ 7。它可以视作一个乙烷分子（C 2H 6）和一个额外的质子（氢原子核），而这个质子使其具有+1电荷。 乙鎓离子是最简单的碳鎓离子之一（仅次于甲鎓离子CH+ 5）。1960年，S. Wexler和N.。
H2O + H+ → H3O+ 水合氢离子通常用H3O+表示，为了简便，也常把H3O+写作H+。 水合氢离子和氨是等电子体。 命名时若作为前缀则称为𨦡基（oxonio-）。 2015年11月2日，使用水合氢离子来探测质子-电子质量比μ，布拉格查理大学物理研究团队发现，在过去70亿年內，Δμ/μ不大於10-7。。
氢分子合质子、三氢阳离子或H3+，是一种由三个氢原子构成的阳离子。它是宇宙中最丰富的离子之一，因为星际空间温度和密度均很低，所以它在星际介质中能稳定存在。尽管星际介质中压强低至10-15大气压，平均自由程很大，但依然有机率发生碰撞而产生其他离子或分子。因此H3+在星际介质气相化学中所起的作用是其他任何离子。
质子的“给体”和“受体”。类似地，生物化学中的“质子泵（英语：proton pump）”和“质子通道（英语：proton channel）”之类的术语，所讨论的也是水合氢离子的运动。 将氢-2原子的电子移除得到的离子叫做氢-2离子；由於含有一个中子，氢-2离子不是质子。类似的结论对氢-3也成立。。
上海市质子重离子医院有限公司暨复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心、上海市质子重离子临床技术研发中心，是中华人民共和国上海市浦东新区的一家通过质子重离子放射治疗癌症患者的医院，占地150亩，於2015年5月正式开业。 2001年，上海市卫生局启动质子重离子加速器项目。2009年，上海市质子重离子。
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在化学中，质子化是原子、分子或离子获得质子（H+）的过程。 简单的可以理解为和质子化合， 即结合一个质子，一般都是该物质有孤对电子，所以可以通过配位键结合一个质子。如H2O变成H3O+，NH3变成NH4+等等。 质子化的逆过程是去质子化。 质子化可能是最基本的化学反应，是很多化学计量和催化过程中的。
三价铁离子（Fe3+）是一种常见的铁的离子，主要存在于铁盐及其溶液中，如氯化铁。Fe3+具有较强的氧化性(EΘ=+0.77V)。虽然常见的含三价铁离子的氯化铁溶液呈棕黄色，但这并不是Fe3+自身的颜色，而是其与Cl-配位形成的配合物的颜色；[Fe(H2O)6]3+实际上是淡紫色的。。
去质子化与质子化相对，是从酸碱反应中的酸（布仑斯惕-劳里酸，Brønsted–Lowry acid）分子中脱去（转移）一个质子（氢阳离子，H+）的过程。所形成的物质是该酸的共轭碱。在其互补过程中，当一个质子被加入（转移）到碱（布仑斯惕-劳里碱）的过程是质子化。所形成的物质是该碱的共轭酸。。
在有机化学中，甲烯鎓离子（又称质子化亚甲基）是一种阳离子，化学式为CH+ 3。它可以视作一个亚甲基自由基（:CH 2）加上一个质子（H+ ），或一个甲基自由基（英语：methyl radical）（•CH 3）去除一个电子。它是碳正离子和烯𬭩离子（英语：enium ion），是最简单的烯𬭩离子（英语：enium。
氢分子离子（H+ 2），又称双氢离子，是最简单的分子离子，由两个质子和一个电子组成。 它可以由一个中性的氢分子电离而成。由于宇宙射线，分子云中经常形成这种离子。 因为它只有一个电子，化学界对它兴趣很大。描述其结构的量子力学方程可以以相对简单的方式得到解。1927年（量子力学中的波理论发表仅一年后），Øyvind。
质子化氧气是一种离子，分子式为HO+ 2。含氢物质燃烧时会生成这个离子。它存在于电离层，以及含有氧和氢的等离子体中。在超强酸中，O2可能会先产生质子化氧气，再将物质氧化。 质子化氧气是氧气的共轭酸。氧气（O2）的质子亲和能（英语：proton affinity）为4.4 eV。。
质子发射（也称为质子放射性）是一种放射性衰变类型，其中一个质子被从原子核中发射。质子发射可以发生在一个原子核从高激发态之后的一个β衰变，在这种情况下，该过程被称为β-延迟质子发射，或者，可以发生在一个质子非常丰富的原子核（或低激发态的核同质异能素），在这种情况下，该过程非常类似于α衰变。一个质子为了逃脱原子核，这个质子的分离能必须为负值。
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碳鎓离子（英语：Carbonium ion）是非经典类型的五配位或四配位碳正离子，比如五配位的离子R5C+。 母体化合物甲鎓离子或写作CH5+是甲烷被超强酸质子化的产物。这种离子是存在于星际介质中的活性中间体，实验室里也可以在低温低浓度的气相中制备。这种离子被认为是CH3+碳正离子。
乙烯鎓离子（又称乙烯正离子、质子化乙烯）是一种阳离子，分子式为C 2H+ 5。就其结构而言，在乙烯分子（C 2H 4）中加入一个质子（H+ ），或在乙烷分子（C 2H 6）中减去一个氢负离子（H− ），就会获得乙烯鎓离子。它是碳正离子。 经辐射的稀薄气体中存在乙烯鎓离子。另一个制备方法是在环境温度和低于1。
A族／17族）的单核氢化物被质子化得到的阳离子，以及一些用其他基团（例如：有机自由基、卤素原子、四甲基铵）取代氢原子形成的衍生阳离子；更复杂的衍生物含有多个中心原子，例如亚胺离子和錆鎓离子。（IUPAC的定义参见金色书，其定义有所不同） 它们也被称作鎓离子，这些离子形成的化合物叫作鎓盐。鎓离子带有一个正电荷，双鎓离子带有两个正电荷，依此类推。。
